新疆公办二本大学有新疆医科大学、新疆农业大学、塔里木大学、新疆财经大学、新疆工程学院、喀什大学、伊犁师范大学、新疆艺术学院、昌吉学院等。
根据在蝶变志愿APP上整理的新疆公办二本大学名单，具体如下：
| 序号 | 院校 | 性质 |
| 1 | 新疆医科大学 | 公办 |
| 2 | 新疆农业大学 | 公办 |
| 3 | 塔里木大学 | 公办 |
| 4 | 新疆财经大学 | 公办 |
| 5 | 新疆工程学院 | 公办 |
| 6 | 喀什大学 | 公办 |
| 7 | 伊犁师范大学 | 公办 |
| 8 | 新疆艺术学院 | 公办 |
| 9 | 昌吉学院 | 公办 |
| 10 | 新疆科技学院 | 公办 |
| 11 | 新疆理工学院 | 公办 |
| 12 | 新疆警察学院 | 公办 |
| 13 | 新疆政法学院 | 公办 |
| 14 | 新疆第二医学院 | 公办 |
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